COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 6.389102 8.252883 8.130521
2021-05-18 17:00:00 5.691421 8.223659 8.112090
2021-05-17 17:00:00 8.380634 8.380634 8.263406
2021-05-16 17:00:00 8.282107 8.282107 8.359542
2021-05-15 17:00:00 6.963514 6.963514 8.448822
2021-05-14 17:00:00 8.223659 8.223659 8.575373
2021-05-13 17:00:00 8.423805 8.423805 8.729974

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 6.159110 6.159110 6.086940
2021-05-18 17:00:00 2.709360 2.709360 6.188540
2021-05-17 17:00:00 7.518797 1.479290 6.184524
2021-05-16 17:00:00 7.272727 7.272727 6.392593
2021-05-15 17:00:00 7.655502 7.655502 6.395200
2021-05-14 17:00:00 10.191083 10.191083 6.695256
2021-05-13 17:00:00 6.696764 6.696764 7.012526

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 13.163065 13.163065 16.407352
2021-05-18 17:00:00 14.482759 14.482759 16.315072
2021-05-17 17:00:00 11.805556 15.459364 16.410681
2021-05-16 17:00:00 20.489978 20.489978 16.523377
2021-05-15 17:00:00 16.879433 16.879433 16.555182
2021-05-14 17:00:00 17.812500 17.812500 16.701946
2021-05-13 17:00:00 16.485507 16.485507 16.978388

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 7.658717 7.658717 8.360485
2021-05-18 17:00:00 4.011887 8.469539 8.420690
2021-05-17 17:00:00 5.981466 8.261744 8.323374
2021-05-16 17:00:00 9.061489 9.061489 8.437810
2021-05-15 17:00:00 6.276423 6.276423 8.615067
2021-05-14 17:00:00 8.408109 8.408109 8.674361
2021-05-13 17:00:00 10.199626 10.199626 8.803813

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 5.835788 5.835788 7.702383
2021-05-18 17:00:00 6.250653 6.250653 7.831860
2021-05-17 17:00:00 13.310745 13.310745 7.785507
2021-05-16 17:00:00 10.668679 10.668679 7.820907
2021-05-15 17:00:00 6.106377 6.106377 7.817628
2021-05-14 17:00:00 8.909786 8.909786 7.885060
2021-05-13 17:00:00 7.730343 7.730343 7.960458

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 11.322057 11.322057 14.985808
2021-05-18 17:00:00 11.293074 11.293074 15.416398
2021-05-17 17:00:00 20.176991 12.233947 16.009474
2021-05-16 17:00:00 16.778025 16.778025 16.662318
2021-05-15 17:00:00 15.264977 15.264977 17.377086
2021-05-14 17:00:00 8.820234 19.019676 18.056582
2021-05-13 17:00:00 24.273370 24.273370 18.386776

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 3.036876 3.036876 3.399947
2021-05-18 17:00:00 3.120357 3.120357 3.507950
2021-05-17 17:00:00 3.149606 3.149606 3.629247
2021-05-16 17:00:00 2.884615 2.884615 3.740272
2021-05-15 17:00:00 3.296171 3.296171 3.858105
2021-05-14 17:00:00 2.810304 2.810304 3.956727
2021-05-13 17:00:00 5.058169 5.058169 4.083338

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 2.917971 2.917971 3.883196
2021-05-18 17:00:00 2.560706 4.039024 3.923136
2021-05-17 17:00:00 6.158730 4.095630 3.971698
2021-05-16 17:00:00 5.275670 3.785344 4.056408
2021-05-15 17:00:00 3.896593 3.896593 4.164753
2021-05-14 17:00:00 4.523321 4.523321 4.305577
2021-05-13 17:00:00 4.183726 4.183726 4.420119

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 4.624592 4.624592 4.652287
2021-05-18 17:00:00 4.145078 4.145078 4.830275
2021-05-17 17:00:00 4.545455 2.608029 4.840047
2021-05-16 17:00:00 5.759539 4.038364 5.028481
2021-05-15 17:00:00 4.787759 4.787759 5.323698
2021-05-14 17:00:00 6.715328 6.715328 5.517561
2021-05-13 17:00:00 5.229650 5.229650 5.782349

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 6.017358 6.017358 6.834481
2021-05-18 17:00:00 4.999582 4.999582 6.881548
2021-05-17 17:00:00 7.513357 7.513357 6.772850
2021-05-16 17:00:00 6.343135 6.343135 6.904226
2021-05-15 17:00:00 7.172602 7.172602 7.046399
2021-05-14 17:00:00 7.755566 7.755566 7.257804
2021-05-13 17:00:00 8.563892 8.563892 7.563225

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 6.243996 6.243996 7.371466
2021-05-18 17:00:00 6.233062 6.233062 7.445298
2021-05-17 17:00:00 8.534622 2.508282 7.693418
2021-05-16 17:00:00 11.609071 11.609071 8.005787
2021-05-15 17:00:00 6.949627 6.949627 8.234056
2021-05-14 17:00:00 10.003970 10.003970 8.585473
2021-05-13 17:00:00 8.720060 8.720060 8.897041

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 1.732283 1.732283 1.910389
2021-05-18 17:00:00 0.748130 0.748130 1.957114
2021-05-17 17:00:00 0.574713 0.218341 1.940008
2021-05-16 17:00:00 2.513465 2.513465 2.035217
2021-05-15 17:00:00 1.559454 1.559454 2.250875
2021-05-14 17:00:00 2.483444 2.483444 2.462987
2021-05-13 17:00:00 2.977667 2.977667 2.567100

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 11.146497 11.146497 9.829663
2021-05-18 17:00:00 9.615385 9.615385 9.451207
2021-05-17 17:00:00 1.276596 26.808511 9.642485
2021-05-16 17:00:00 4.806935 4.806935 9.788457
2021-05-15 17:00:00 21.722846 21.722846 9.582576
2021-05-14 17:00:00 9.878214 9.878214 9.433898
2021-05-13 17:00:00 5.380795 5.380795 9.325293

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 6.990521 6.990521 5.351497
2021-05-18 17:00:00 4.986150 4.986150 5.503609
2021-05-17 17:00:00 10.489510 1.873829 5.640217
2021-05-16 17:00:00 10.964333 6.737120 5.872946
2021-05-15 17:00:00 4.203324 4.203324 6.054509
2021-05-14 17:00:00 5.889145 5.889145 6.426945
2021-05-13 17:00:00 6.105991 6.105991 6.633632

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 9.170228 9.170228 9.178957
2021-05-18 17:00:00 7.557938 7.557938 9.249321
2021-05-17 17:00:00 8.459338 8.567708 9.128665
2021-05-16 17:00:00 10.231023 10.231023 9.194715
2021-05-15 17:00:00 7.175433 7.175433 9.269792
2021-05-14 17:00:00 10.369467 10.369467 9.486929
2021-05-13 17:00:00 10.736010 10.736010 9.709565

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 23.044172 23.044172 23.217494
2021-05-18 17:00:00 13.218577 13.218577 23.099143
2021-05-17 17:00:00 9.951956 33.870968 23.180845
2021-05-16 17:00:00 34.382979 34.382979 23.881909
2021-05-15 17:00:00 23.209169 23.209169 24.787396
2021-05-14 17:00:00 25.886991 25.886991 24.991962
2021-05-13 17:00:00 27.077224 27.077224 25.418434

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 2.740270 2.740270 2.768648
2021-05-18 17:00:00 3.242956 3.242956 2.865396
2021-05-17 17:00:00 3.833333 1.044505 2.916604
2021-05-16 17:00:00 2.669903 2.669903 2.963522
2021-05-15 17:00:00 2.558228 2.558228 3.151140
2021-05-14 17:00:00 4.114713 4.114713 3.367891
2021-05-13 17:00:00 2.617230 2.617230 3.526365

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 7.826087 7.826087 7.660906
2021-05-18 17:00:00 5.415020 7.549407 7.909596
2021-05-17 17:00:00 5.506446 7.657331 7.977025
2021-05-16 17:00:00 7.331644 7.554384 8.066000
2021-05-15 17:00:00 7.202897 7.202897 8.223612
2021-05-14 17:00:00 7.832149 7.832149 8.282247
2021-05-13 17:00:00 7.949901 7.949901 8.631556

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 5.160412 5.160412 5.944104
2021-05-18 17:00:00 4.663462 4.663462 5.969727
2021-05-17 17:00:00 9.997383 5.302242 6.029279
2021-05-16 17:00:00 6.176004 6.176004 6.249402
2021-05-15 17:00:00 6.218338 6.218338 6.385472
2021-05-14 17:00:00 6.683512 6.683512 6.527717
2021-05-13 17:00:00 7.654321 7.654321 6.750262

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 6.518724 6.518724 9.613933
2021-05-18 17:00:00 8.984375 8.984375 10.025442
2021-05-17 17:00:00 8.196721 9.129815 10.358903
2021-05-16 17:00:00 10.460993 10.460993 10.855983
2021-05-15 17:00:00 8.000000 8.000000 11.159790
2021-05-14 17:00:00 10.719530 10.719530 11.488985
2021-05-13 17:00:00 17.752235 17.752235 11.775837

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 11.979167 11.979167 11.802825
2021-05-18 17:00:00 3.103448 5.056180 11.906601
2021-05-17 17:00:00 11.688312 11.688312 12.556501
2021-05-16 17:00:00 9.569378 9.569378 12.276694
2021-05-15 17:00:00 6.289308 6.289308 12.693916
2021-05-14 17:00:00 24.157303 24.157303 13.434950
2021-05-13 17:00:00 19.078947 19.078947 14.110738

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-19 17:00:00 10.649185 10.649185 10.558105
2021-05-18 17:00:00 10.457963 10.457963 10.821341
2021-05-17 17:00:00 10.176471 5.636097 10.937541
2021-05-16 17:00:00 10.799220 10.799220 11.284070
2021-05-15 17:00:00 10.537634 10.537634 11.580895
2021-05-14 17:00:00 15.039841 15.039841 11.792117
2021-05-13 17:00:00 10.813309 10.813309 12.314365

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 6.159110 6.159110 6.086940
Basilicata 13.163065 13.163065 16.407352
Calabria 7.658717 7.658717 8.360485
Campania 5.835788 5.835788 7.702383
Emilia-Romagna 11.322057 11.322057 14.985808
Friuli Venezia Giulia 3.036876 3.036876 3.399947
Lazio 2.917971 2.917971 3.883196
Liguria 4.624592 4.624592 4.652287
Lombardia 6.017358 6.017358 6.834481
Marche 6.243996 6.243996 7.371466
Molise 1.732283 1.732283 1.910389
P.A. Bolzano 11.146497 11.146497 9.829663
P.A. Trento 6.990521 6.990521 5.351497
Piemonte 9.170228 9.170228 9.178957
Puglia 23.044172 23.044172 23.217494
Sardegna 2.740270 2.740270 2.768648
Sicilia 7.826087 7.826087 7.660906
Toscana 5.160412 5.160412 5.944104
Umbria 6.518724 6.518724 9.613933
Valle d'Aosta 11.979167 11.979167 11.802825
Veneto 10.649185 10.649185 10.558105

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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